圖牧吉自然保護區(qū)位于旗境南部的圖牧吉鎮(zhèn)內(nèi)，距旗政府所在地音德爾50公里。

　　保護區(qū)總面積948.3平方公里，其中：有水域面積53.6平方公里，沼澤濕地面積220.6平方公里，草原面積368.9平方公里，保護區(qū)內(nèi)有7個村28個自然屯，人口1萬余人。保護區(qū)有動物71科309種，其中鳥類228種，屬國家一級保護的鳥類9種，二級保護鳥類36種，國家一級保護的鳥類大鴇是該保護區(qū)最具特色之處，是我國僅有的少數(shù)大鴇繁殖區(qū)之一，被譽為大鴇的故鄉(xiāng)。保護區(qū)內(nèi)有哺乳動物5目10科26種，其中國家二級保護獸類1種。保護區(qū)內(nèi)植物分屬79科275屬476種，資源豐富，因此，該保護區(qū)是溫帶草原生態(tài)系統(tǒng)、濕地生態(tài)系統(tǒng)生物多樣性研究與保護的典型區(qū)域之一，是大鴇、鶴類、鸛類等鳥類資源保護研究的重要基地。

　　保護區(qū)劃分為三個功能區(qū)：第一為核心區(qū)，具有典型的草原生態(tài)系統(tǒng)和沼澤生態(tài)系統(tǒng)，特別是國家一二級保護物種的棲息、繁殖地。第二為緩沖區(qū)，位于核心區(qū)外圍，對核心區(qū)起緩沖和屏障作用。第三為實驗區(qū)，位于緩沖區(qū)外圍，是保護區(qū)管理局、野生動物救護、馴養(yǎng)中心、宣傳中心所在地及多種經(jīng)營生產(chǎn)實驗基地。
　
　　1996年始建為旗縣級自然保護區(qū)，1998年2月晉升為自治區(qū)級自然保護區(qū)，是第一個以保護大鴇的繁殖地為主的自然保護區(qū)。2002年7月2日國務(wù)院批準為國家級自然保護區(qū)。

　　保護區(qū)東南部豐富的水面和大片的沼澤濕地，造就了大面積的淺灘草原區(qū)和廣闊的深草區(qū)，幽幽千畝香蒲搖曳，茫茫萬頃蘆葦蕩漾，為眾多鳥類提供了充足便利的覓食條件，也為它們提供了不受驚擾的棲息繁衍的場所。它們一對對，一群群，時而飄然水面，時而云集藍天，構(gòu)成了一幅動靜結(jié)合壯美而幽雅的藍天碧水百鳥圖。每年春秋季節(jié)有成千上萬只水鳥過境停歇。保護區(qū)內(nèi)有鳥類228種，其中有國家一級保護鳥類大鴇、丹頂鶴、金雕等9種，國家二級保護鳥類36種。僅鶴類就有6種分布在保護區(qū)內(nèi)，是我國鶴類分布最為集中的區(qū)域之一。